25日，大陆代表及家属与台“海巡署”官员持续在金门陆岛酒店协商，这是近3天来的第6次闭门协商。

台“海巡署副署长”许静芝会面后仅简短响应“看起来都不错”，但台湾中时电子报注意到，晋江红十字会秘书长曹荣山面色却似乎比较凝重，低调未受访。据台湾《联合报》报道，台“海巡署长”周美伍24日现身，与大陆代表及家属讨论后神情明显缓和。报道称，最初台“海巡署”规定只有死者家属可以查看失事船只，在24日的闭门会议后，首度让大陆红十字会人员与死者家属重回金门海巡队，勘验失事的大陆渔船与海巡CP1051艇。另据中时电子报25日报道，原本安排在26日下午的解剖暂时延期，至于延到何时仍未知。

大陆全国台企联荣誉会长郭山辉认为，台湾方面要做深刻的检讨。他说，这是单一的偶然事件，但是从中可以看到，两岸之间的交流合作实在相当重要。据台湾联合新闻网25日披露，国民党副主席夏立言预计26日率团前往大陆访问7天。国民党方面称，如果有机会与大陆官员会面，夏立言将会请对方转达，向近期发生在金门海域意外事件的罹难者家属表达哀悼慰问之意，同时也向对方表达，多数台湾民众不乐见两岸关系持续恶化，对此事感同身受，希望能够通过各种管道尽快公布事实真相。