2013年12月27日，吴士存院长应邀出席南京大学中国南海研究协同创新中心举办的“中国南海研究2013年度论坛”，并就“当前南海面临的挑战和重大研究任务”作了主旨发言。作为中心的副主任，他还主持了论坛学术研讨。

中国南海研究协同创新中心于2012年10月在南京大学成立，共协同了包括南京大学、中国南海研究院和中国社科院等在内的七家单位，并获得了教育部“2011计划”的立项支持。